Тракийският научен институт (ТНИ) е учреден на 30 септември 1934 г. по решение на 18 редовен събор на Тракийската организация  с цел  изследването на  историята, етнографията, езика, фолклора и културата на българите от Източна и Западна Тракия както и участието  им в борбите  за освобождение  и обединение  на българския народ.

За пръв председател на ТНИ е избран Христо Караманджуков, за секретар - Иван Орманджиев, а негов почетен председател става Софийският митрополит Стефан. В състава му са включени видни учени, интелектуалци и общественици като акад. Димитър Михалчев, Димитър Попниколов, Стою Шишков, Станимир Попов, Димитър Янев, Стоян Мавродиев, Георги Попаянов, Васил Драгулев, Васил Стоин и др.

ТНИ продължава започнатата през 1928 т. изследователска и издателска дейност на редколегията на Върховния изпълнителен комитет на Тракийската организация, представена в поредиците „Тракийски сборник”  и „Библиотека „Тракия”, както и в отделни монографии и тематични сборници.

Със закриването на Тракийската организация през  1977 г. Тракийският научен институт е прехвърлен към Центъра  по българистика при БАН.

През януари 1994 г. ТНИ е възстановен като самостоятелно юридическо лице. Негови директори последователно са проф. Стайко Трифонов, проф. Иван Филчев и чл.- кор. проф. д.ф.н. Васил Проданов.

Тракийският научен институт е регистриран като юридическо лице с нестопанска цел, което осъществява общественополезна дейност. Той е доброволно сдружение на учени, предимно  с академична  кариера, от различни области на обществените и хуманитарните науки, както и на изявени общественици и интелектуалци с принос в изследването и пропагандирането на Тракийския въпрос.

Седалището на ТНИ е в София, а в страната има действащи филиали.

Институтът издава “Известия на Тракийския научен институт”. Една от последните му научни задачи е подготовката на мащабното интердисциплинарно издание „Енциклопедия Тракия”. 

През 2019 г. Тракийският научен институт откри свои филиали във Варна с директор доц. д-р Геновева Михова и в гр.Кърджали с директор Даниела Коджаманова.