Мисия:
Основна мисия на ТНИ е стимулирането на научно-изследователската и популяризаторска дейност, свързани с Тракийския въпрос и Тракия.
Днес, през 21-ви век, като независима изследователска, експертна и информационна институция, ТНИ запазва досегашния си предмет на научен интерес, но се ориентира активно и към съвременните проблеми на българското общество в контекста на отношенията на Балканите и особено с Турция и Гърция като страни, с които е свързана Тракия.
В условията на глобализация и комуникационна революция рязко се увеличава силата на взаимовръзките между минали проблеми, настояще и бъдеще, а така също и между регионалните, общонационалните, балканските, европейските, глобалните процеси. Това изправя института пред нови проблеми и предизвикателства.
В обсега на изследователския интерес на сътрудниците на ТНИ са проблеми като: историята и съвременното състояние на културата на Тракия и тракийските българи; националната идентичност, междуетническите отношения и малцинствените права на отделните общности и народи, населяващи регион Тракия; междудържавните отношения и политики в Югоизточните Балкани и пр.
Цели:
• Реализиране на научноизследователски проекти, свързани с изучаването на историята, етнографията, фолклора, географията, диалектите, културата и икономиката на исторкио-географската област Тракия и на тракийските българи.
• Публикуване на материали, свързани с научноизследователските проекти, осъществени от института, или на такива, тематично свързани с неговите интереси.
• Организирането на конференции, кръгли маси, научни прояви с българско и международно участие, посветени на юбилейни дати, събития и видни личности, свързани с историята на тракийските българи и с общонационалната история; с историята и съвременното състояние на културата на Тракия и тракийските българи; с националната идентичност, междуетническите отношения и малцинствените права на отделните общности и народи, населяващи регион Тракия; с междудържавните отношения и политики в Югоизточните Балкани и пр.
• Организиране на изложби, тематично свързани с историята на тракийските българи.
• Изграждане на информационна база, съдържаща документален архив, мемоарна и научна литература, третиращи тракийската история.